Βρίσκεται στα Β.Α. του νησιού και σε απόσταση 3 χλμ από τον οικισμό της Θερμής.
Η Ιερά Μονή Αγίου Ραφαήλ είναι πλέον ένα από τα πιο ξακουστά προσκυνήματα της Ορθοδοξίας μας. Βρίσκεται λίγο πιο πάνω από την Λουτρόπολη της Θερμής στον Λόφο των Καρυών, που έγινε τόπος μαρτυρίου.
Πρώτη περίοδος (10ος αιώνας έως 1235)
Την πρώτη περίοδο το 1235 ήταν γυναικεία Μονή με Ηγουμένη την Αγία Ολυμπία και 30 Μοναχές. Μαρτύρησαν όλες από τους Σαρακηνούς πειρατές.
Δεύτερη περίοδος (από το 1433 έως το 1463 – έτος καταστροφής της από τους Τούρκους, με τελευταίο ηγούμενο τον Άγιο Ραφαήλ)
Τη δεύτερη περίοδο το 1463 η Μονή λειτούργησε σαν ανδρική με Ηγούμενο τον Άγιο Ραφαήλ.
Ο Άγιος Ραφαήλ με τον Άγιο Νικόλαο μετά την πτώση της Κωνσταντινουπόλεως το 1453 εγκαταστάθηκαν και έζησαν ειρηνικά για 9 περίπου χρόνια στην Μονή που ήταν αφιερωμένη στο Γενέσιο Της Θεοτόκου.
Το 1463 έγινε ένα κίνημα στην Θερμή και οι Χριστιανοί ανέβηκαν να κρυφτούν στο Μοναστήρι. Μαζί τους ήταν ο Δάσκαλος Θεόδωρος με τον Προεστό Βασίλειο (πατέρα της δωδεκάχρονης Αγίας Ειρήνης) και την οικογένειά του.
Όταν έφτασαν οι Τούρκοι στο μοναστήρι των Αγίων Ραφαήλ και Ειρήνης
Οι Τούρκοι έφτασαν στο Μοναστήρι την Μεγάλη Παρασκευή, συνέλαβαν τον Ηγούμενο Ραφαήλ, τον Διάκονο Νικόλαο, την οικογένεια του Προεστού και τον Δάσκαλο.
Άρχισαν να τους βασανίζουν για να ομολογήσουν πού κρύβονται οι άλλοι Χριστιανοί και για να αρνηθούν την Πίστη τους.
Την Αγία Ειρήνη αφού έκοψαν το χεράκι της μπροστά στους γονείς της την έβαλαν σ’ ένα πιθάρι και την έκαψαν.
Στον Άγιο Ραφαήλ έκαναν πολλά μαρτύρια. Τον χτυπούσαν με τα ρόπαλα, Τον έσερναν από τα μαλλιά και την γενειάδα, Τον έδειραν με αγριότητα, Τον κεντούσαν με τις λόγχες και μετά Τον κρέμασαν ανάποδα σε μία καρυδιά, Τον πριόνισαν από το στόμα και απέκοψαν την σιαγόνα Του την Τρίτη ημέρα του Πάσχα, την Λαμπροτρίτη, που εορτάζεται η μνήμη τους.
Τον Άγιο Νικόλαο Τον είχαν δέσει σε μία καρυδιά, τον κεντούσαν με τις λόγχες και βλέποντας να πριονίζουν τον Αγαπημένο Του Ηγούμενο έπαθε συγκοπή.
Ήταν 9 Απριλίου 1463.
Κατόπιν έβαλαν φωτιά στο Μοναστήρι κι έφυγαν.
Την άγνωστη μέχρι τότε ιστορία της Ι. Μονής την αποκάλυψε ο ίδιος ο Άγιος Ραφαήλ σε διάφορα πρόσωπα.
Η σκαπάνη και η αρχαιολογική έρευνα επαλήθευσαν όλα όσα είπε.
Η μνήμη των Αγίων Ραφαήλ, Νικολάου και Ειρήνης εορτάζεται πανηγυρικά την Τρίτη ημέρα του Πάσχα (Λαμπροτρίτη).
Για την ημέρα αυτή πλήθος πιστών καταφθάνουν από τα πέρατα του κόσμου.
Εικόνες του Κυριάκου Διαμαντόπουλου, από το μοναστήρι στον λόφο των Καρυών της Μυτιλήνης.
